FASTQ 格式速查

QUICK REFERENCE / FASTQ

每条序列，也带着质量信息

预览检查和完整质控是不同的任务。

@read_identifier
ACGT
+
IIII

典型四行 FASTQ 中：第 1 行是标识，第 2 行是序列，第 3 行是分隔符，第 4 行是质量字符。序列和质量行的长度要一致。NCBI 格式说明是核对格式的参考。

$$Q=-10\log_{10}(P_{\mathrm{error}})$$

Phred+33 中，ASCII 值减 33 得到 Q；来源不明的旧 FASTQ 要先确认编码。

1	gzip -cd sample_R1.fastq.gz \| head -n 8

它只显示开头，不验证文件完整性。wc -l / 4 仅适用于符合四行假设且完整的文件，不能作为通用验证器。双端数据还要核对配对关系和样本元数据。

读段质量、长度、GC、接头与重复度要结合实验类型解释；单项警告不自动意味着失败。完整模块说明见 FastQC 官方文档入口。