专题与学习路线

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专题与学习路线

先找到主题，再沿着问题、概念与实践慢慢深入。目录随文章更新，不重复复制文章。

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Linux for Bioinformatics

从安全操作文件开始，再认识文本流、进程与可复现的环境。

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生物信息学基础

围绕输入、质量与输出理解流程，先建立概念再选择工具。

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深度学习基础

连接张量、梯度与实验评价，不让模型训练成为黑箱。

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2 篇 · 按章节顺序

生物信息学基础

围绕输入、质量与输出理解流程，先建立概念再选择工具。

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  1. 从 FASTQ 到表达矩阵：生物信息学流程在做什么

    用一张概念地图理解测序数据如何经过质控、比对或定量，最终成为可以分析的表达矩阵。

  2. 生物信息学质控报告应该怎么看

    从单个指标、样本间比较和下游影响三个层次阅读测序数据质控报告。

2 篇 · 按章节顺序

深度学习基础

连接张量、梯度与实验评价，不让模型训练成为黑箱。

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  1. 深度学习入门：训练循环到底发生了什么

    从张量、前向传播、损失、反向传播和参数更新理解一个最小训练循环。

  2. 深度学习学习笔记：过拟合与模型评估

    从训练集、验证集和测试集的职责出发，理解过拟合、数据泄漏与可靠评估。

3 篇 · 按章节顺序

研究与学习方法

围绕同一个主题连续阅读；以下目录由文章的 series 字段自动更新。

  1. 我如何整理一篇论文

    不复述摘要，而是沿着问题、证据和边界整理一篇公开论文。

  2. 科研工作流中的一些小习惯

    用简单、稳定的目录和记录方式，让一次公开练习可以被未来的自己重新运行。

  3. 从零开始记录自己的学习

    给还没有定型的知识和想法一个可以继续更新的结构。

92 篇 · 按章节顺序

非影像深度学习与DNA：92篇论文逐图解读

围绕同一个主题连续阅读；以下目录由文章的 series 字段自动更新。

  1. 1.DeepSEA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepSEA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  2. 2.HumanSplicingCode：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂HumanSplicingCode：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  3. 3.ExPecto：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ExPecto：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  4. 4.ASDNoncodingBurden：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ASDNoncodingBurden：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  5. 5.SpliceAI：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SpliceAI：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  6. 6.Enformer：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Enformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  7. 7.EVE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂EVE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  8. 8.AlphaMissense：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AlphaMissense：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  9. 9.PrimateAI-3D：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PrimateAI-3D：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  10. 10.Borzoi：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Borzoi：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  11. 11.GET：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GET：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  12. 12.AlphaGenome：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AlphaGenome：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  13. 13.NucleotideTransformer：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂NucleotideTransformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  14. 14.Evo2：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Evo2：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  15. 15.scGen：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scGen：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  16. 16.Geneformer：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Geneformer：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  17. 17.GEARS：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GEARS：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  18. 18.scGPT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scGPT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  19. 19.scFoundation：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scFoundation：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  20. 20.CPA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CPA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  21. 21.biolord：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂biolord：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  22. 22.State：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂State：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  23. 23.P-NET：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂P-NET：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  24. 24.DrugCell：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DrugCell：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  25. 25.DeepDEP：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepDEP：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  26. 26.CODE-AE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CODE-AE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  27. 27.Sturgeon：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Sturgeon：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  28. 28.crossNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂crossNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  29. 29.MutationProjector：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂MutationProjector：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  30. 30.DeepTCR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepTCR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  31. 31.DeepTCR-Immunotherapy：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepTCR-Immunotherapy：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  32. 32.Halicin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Halicin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  33. 33.Abaucin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Abaucin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  34. 34.ExplainableAntibiotics：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ExplainableAntibiotics：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  35. 35.GENTRL-DDR1：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GENTRL-DDR1：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  36. 36.TNIK：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TNIK：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  37. 37.Rentosertib：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Rentosertib：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  38. 38.TxGNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TxGNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  39. 39.AntitoxinDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AntitoxinDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  40. 40.CARGrammar：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CARGrammar：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  41. 41.CellTargetingCRE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CellTargetingCRE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  42. 42.AKIPrediction：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AKIPrediction：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  43. 43.PancreaticCancerPrediction：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PancreaticCancerPrediction：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  44. 44.NYUTron：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂NYUTron：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  45. 45.Delphi2M：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Delphi2M：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  46. 46.ArrhythmiaDNN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ArrhythmiaDNN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  47. 47.AI-ECG：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂AI-ECG：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  48. 48.EAGLE：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂EAGLE：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  49. 49.ParkinsonBreathing：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ParkinsonBreathing：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  50. 50.SleepFM：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SleepFM：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  51. 51.RL-DITR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂RL-DITR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  52. 52.SCFM-ZeroShot：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SCFM-ZeroShot：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  53. 53.PerturbationLinearBaselines：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PerturbationLinearBaselines：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  54. 54.CalibratedPerturbationMetrics：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CalibratedPerturbationMetrics：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  55. 55.DeepBind：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepBind：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  56. 56.DeepSTARR：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepSTARR：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  57. 57.Sei：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Sei：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  58. 58.Akita：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Akita：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  59. 59.Orca：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Orca：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  60. 60.scBasset：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scBasset：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  61. 61.scooby：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂scooby：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  62. 62.CREsted：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂CREsted：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  63. 63.TaskiranEnhancerDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TaskiranEnhancerDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  64. 64.YeastRegulatoryDNA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂YeastRegulatoryDNA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  65. 65.PARM：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PARM：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  66. 66.SegmentNT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SegmentNT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  67. 67.GPN-MSA：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GPN-MSA：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  68. 68.gReLU：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂gReLU：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  69. 69.Basset：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Basset：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  70. 70.Basenji：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Basenji：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  71. 71.BPNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂BPNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  72. 72.DanQ：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DanQ：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  73. 73.Puffin：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Puffin：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  74. 74.seq2PRINT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂seq2PRINT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  75. 75.C-Origami：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂C-Origami：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  76. 76.DeepMEL：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepMEL：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  77. 77.DeepMEL2：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepMEL2：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  78. 78.DeepCpG：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepCpG：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  79. 79.DNABERT：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DNABERT：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  80. 80.GPN：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂GPN：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  81. 81.Evo：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂Evo：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  82. 82.EvoSemanticDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂EvoSemanticDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  83. 83.DeepC：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂DeepC：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  84. 84.TissueEnhancerDesign：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂TissueEnhancerDesign：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  85. 85.BE-Hive：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂BE-Hive：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  86. 86.inDelphi：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂inDelphi：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  87. 87.PersonalExpressionBenchmark-Sasse：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalExpressionBenchmark-Sasse：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  88. 88.PersonalTranscriptome-Huang：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalTranscriptome-Huang：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  89. 89.SegmentNT-ContextBias：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂SegmentNT-ContextBias：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  90. 90.PersonalExpressionFineTuning：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂PersonalExpressionFineTuning：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  91. 91.ChromBPNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ChromBPNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

  92. 92.ProCapNet：原图、模型逻辑与研究范式

    深入读懂ProCapNet：正文原图与全部子图、模型输入输出、研究思路、验证证据和阅读启发。

2 篇 · 按章节顺序

Linux for Bioinformatics

从安全操作文件开始，再认识文本流、进程与可复现的环境。

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  1. Linux 应用基础：文件、目录与常用命令

    从路径、文件操作和文本查看开始，建立 Linux 命令行的基本心智模型。

  2. Linux 应用基础：管道、进程与环境

    理解标准输入输出、管道、进程和环境变量，让多个小命令组成可靠工作流。

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